Auxotrophe Organismen sind Mikroorganismen, die innerhalb eines Gens einen Defekt aufweisen, so dass sie zum Wachstum eine zusätzliche Substanz im Nährmedium benötigen. In etwas allgemeinerer Form sagt man auch, dass ein Organismus für einen bestimmten Stoff auxotroph ist, wenn dieser Stoff mit der Nahrung zugeführt werden muss.